Tất cả các chương trình nghiên cứu khoa học đều có đặc trưng bởi yếu tố "hạt nhân”. Phương pháp phỏng đoán phủ định (tiêu cực) không cho phép chúng ta đưa ra những bác bỏ trực tiếp. Thay vào đó, chúng ta phải sử dụng sự khéo léo để phỏng đoán hoặc thậm chí phát minh ra "giả thuyết hỗ trợ”. 

Các nhà khoa học lý thuyết ít tham gia vào một chương trình nghiên cứu mà chương trình đó chỉ chăm chăm tới việc tìm ra chứng cứ để "bác bỏ". Chương trình nghiên cứu, bên cạnh áp dụng phương pháp phỏng đoán tiêu cực của họ, còn có sử dụng phương pháp phỏng đoán tích cực. Phỏng đoán tiêu cực nhằm làm rõ "điểm cốt yếu" của chương trình vì đó là "không thể chối cãi" về phương pháp luận này; trong khi phỏng đoán tích cực bao gồm cả những gợi ý về cách thay đổi, phát triển của các biến thể ‘có thể biện bác 'của các chương trình nghiên cứu.